Pápua Új-Guinea területén már az ókorban is éltek emberek. A sziget belsejében levő felföldön önállóan háziasítottak növényeket.

A sziget partvidékét a portugál és spanyol hajósok már a 16. század első felében felderítették. A portugálok délkelet-ázsiai birtokaikon elterjesztették a Dél-Amerikából származó édesburgonya termesztését. Ezt átvették Új-Guinea belső vidékein lakók is. Az édesburgonya elterjedése népességrobbanást okozott körükben.

1860-ban a Johan Cesar Godeffroy & Sohn hamburgi cég az északi parton kókuszdiót termesztett, koprával kereskedett. A mai ország északi területét a 1885-ben Otto Finsch a német császárnak ajánlotta. Ezzel a terület a Német Birodalom gyarmata lett. A terület neve: Vilmos Császár Terület. Az első világháborúban az ausztrálok elfoglalták. 1919-ben ausztrál védnökség alá került Pápua Új-Guinea néven.

A déli részen 1884. november 6-án a britek Brit Új-Guinea néven egy új protektorátust hoztak létre, majd 1888. szeptember 4-én gyarmattá nyilvánították. 1941 decemberében a japán seregek behatoltak a sziget északi részére. Port Moresby-ben pedig amerikaiak táboroztak.

1972-ben választásokat tartottak, amelyben a szavazók függetlenségre szavaztak. 1973 decemberében Pápua Új-Guinea autonómiát, 1975. szeptember 16-án függetlenséget kapott az ausztrál kormánytól. Ekkor Bougainville szeparatistái önálló függetlenséget szerettek volna elérni, végül 2005-ben a sziget autonómiát kapott.

Az ország két részének eltérő múltja ma is gondokat okoz a mindennapi életben. A két részen (Pápuán és Új-Guineán) mindmáig eltérő a jogrend. Az egyenes határ utakat, egy nyelven beszélő népeket vág ketté, nehezítve életüket.